Por un neumático trasero de mayor perfil es técnicamente imposible, esto sólo aumentará la relación velocidad/rpm...
El medidor del velocímetro está situado en la rueda delantera, es decir, mide las vueltas que da la rueda y un pequeño mecanismo dentro del marcador convierte ese giro en el de la aguja. Este giro se transmite con un cable que gira axialmente en el interior de su funda.
Si has cambiado también la rueda delantera por una de mayor perfil, el velocímetro marcará menos velocidad que antes, pero la diferencia será insignificante. Lo más habitual es que el cable del velocímetro esté pillado (mira que no vaya forzado o esté doblado) o roto, aunque también puede ser por una rotura del mecanismo citado.
Como no tengo una VTR, no puedo concretar mucho más

Ah, y un poco de aceite siempre viene bien, pero a veces no hay más remedio que cambiar piezas.
Saludos!